وكون نظام رافد تعمل عليه عدد كبير من الجمعيات تتجاوز 600 جمعية فإن مرونة بناء الإجراءات والاعتمادات ومسار العمل والصلاحيات من أهم مميزات النظام بحيث تستطيع الجمعية التوافق معه بما يتناسب مع سياساتها وخططها بالإضافة إلى وجود إدارة حوكمة داخل النظام تهتم بمعايير الحوكمة
فالحوكمة في النظام تتميز بالتالي: